Madrasah Tsanawiyah Swasta (MTsS) Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko merupakan lembaga yang dirintis sejak 12 Mei 1992 oleh masyarakat dan tokoh agama Islam di desa Kalitimbang dan sekitarnya diantaranya KH. Rifai, KH. Aliyudin, Kades Maksuni, Bapak Abdul Wahab, dan H. Ghozali. Kehadiran dan keberadaan MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko belum sepenuhnya dapat diterima oleh masyarakat. Hal ini disebabkan kesadaran, pemahaman dan pendidikan di masyarakat yang masih mempunyai pandangan bahwa bersekolah di Madrasah Tsanawiyah hanya mempelajari pelajaran agama tidak mempelajari pelajaran umum, dan lulusannya dalam melanjutkan ke jenjang yang lebih tinggi hanya mampu melanjutkan ke Madrasah Aliyah.
Berbekalkan kesadaran, keuletan serta tanggungjawab terhadap pendidikan agama maupun iman, akhirnya MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko yang berada dalam naungan Perguruan Islam Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko mampu berdiri dengan Nomor Statistik 212.280.603.014 dan berstatus terdaftar.
Pimpinan MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko semenjak berdiri telah 4 kali bergantian kepemimpinan periode pertama di pimpin oleh KH. Syafiq Lathiefi dari tahun 1992 sampai dengan tahun 1996, selanjutnya Bapak Imanudin tahun 1996 sampai dengan tahun 2001 dilanjutkan H. Sandim Aliya dari tahun 2001 hingga tahun 2011, dan periode sekarang di pimpin Bapak H. Muhamad Nasir Ali tahun 2011 hingga tahun 2016 mendatang.
Berdirinya MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko didasari oleh berbagai permasalahan yang muncul di desa Kalitimbang dan sekitarnya. Diantara masalah tersebut adalah :
a. Banyak lulusan SD yang tidak melanjutkan sekolah ke SMP dengan alasan ekonomi
b. Sekolah yang disediakan pemerintah jauh
c. Adanya usulan dan saran dari tokoh masyarakat atau tokoh agama
d. Ikut mengembangkan sekaligus rasa tanggungjawab tentang pendidikan nasional.
Setelah MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko berdiri tentu saja permasalahan-permasalahan yang ada sedikit teratasi, terutama bagi keluarga ekonomi menengah ke bawah. Putra dan putri mereka dapat mengikuti pendidikan setara SLTP di MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko dengan biaya murah dibandingkan madrasah/sekolah lainnya. Hal ini dilakukan sebelum adanya beasiswa atau BOS (Bantuan Operasional Sekolah).
Sedangkan dalam sejarah perkembangan MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko seluruh jajaran Perguruan Islam Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko, kepala madrasah, pendidik dan bagian kependidikan bekerja keras untuk mempertahankan sekaligus memajukan MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko hal ini dapat dilihat dari usaha yang dilakukan oleh segenap pengurus yayasan, yakni dengan mengadakan pendekatan kepada masyarakat, mengadakan kegiatan di setiap hari besar Islam, dan lain sebagainya.
2. Letak Geografis MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko
MTsS Al-Jauharotunnaqiyyah Ciberko terletak di lokasi yang sangat strategis, berdekatan dengan intansi pemerintah seperti KUA, Kantor Kecamatan, dan Kantor Kelurahan Kalitimbang. + 4 km dari Pusat Kota Cilegon, dan + 14 km dari Pusat Propinsi Banten. Sedangkan batas-batasnya dapat dilihat sebagai berikut:
· Sebelah utara berbatasan dengan kelurahan Cibeber
· Sebelah selatan Jalan Linkar Selatan PCI - Anyer
· Sebelah barat berbatasan dengan Link. Kedung Baya
· Sebelah timur berbatasan dengan Perumahan Pondok Cilegon Indah
